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口腔黏膜上皮与其深面的固有层结缔组织紧密结合。此处固有层结缔组织形成许多乳头状突起，上皮深面形成许多上皮钉突（epithelial pegs，rete pegs），两者紧密镶嵌在一起。

光镜下可见上皮和固有层之间有一膜状结构，称基底膜，电镜下基底膜由透明板、密板和网板构成。上皮和基底膜以半桥粒的方式结合在一起。构成半桥粒和基底膜的成分多，包括多种蛋白，发生改变时，可形成上皮的疱性病变。

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固有层由致密的结缔组织组成。其中伸入上皮部分的乳头称为乳头层，其余部分称网状层。固有层的基本细胞成分是成纤维细胞，有合成和更新纤维及基质的功能。除此之外还有组织细胞、未分化的间充质细胞、肥大细胞等。固有层的纤维主要是I型胶原纤维，此外还有弹力纤维。固有层对上皮细胞的分化具有调控作用。

黏膜下层为疏松结缔组织，内含小唾液腺、较大的血管、淋巴管、神经及脂肪组织，主要是为固有层提供营养及支持。黏膜下层主要分布在被覆黏膜，在牙龈、硬腭的大部分区域及舌背无黏膜下层，固有层与其深部的骨或肌肉直接紧密相连。